असली खतरा तब शुरू होता है जब डार्क नेबुला (Dark Nebula) नामक एक दुष्ट संगठन सामने आता है। इसका मुखिया डोजी (Doji) है, जो दुनिया पर कब्ज़ा करना चाहता है। डार्क नेबुला ने ही "ड्रैगन एम्परर" रयुगा (Ryuga) को जगाया है, जिसके पास खतरनाक और ऊर्जा सोखने वाला बेब्लेड Lightning L-Drago है。

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